Comandamentul Forţelor Întrunite „General Ioan Emanoil Florescu’’ continuă tradiţiile istorice ale Comandamentului 2 Operațional Întrunit. În prezent,  Comandamentul Forțelor Întrunite este o structură executivă de nivel operativ a Statului Major al Apărării aflată în subordinea șefului Statului Major al Apărării și coordonarea locțiitorului șefului Statului Major al Apărării pentru operații și instrucție. Comandamentul este organizat pe entități organizaționale de tip întrunit, prin intermediul căreia șeful Statului Major al Apărării exercită conducerea forțelor.

Procesul de transformare a Armatei României și a procesului de preaderare la structuri NATO - Tratatul Organizației Nord Atlantice, în baza ordinului ministrului apărării naționale, la data de 1 august 2000 Comandamentul Armatei a 2-a Buzău se transformă în Comandamentul 2 Operațional Întrunit (nivel Corp de Armată). La aniversarea a 85 de ani de la înființarea Armatei a 2-a, Comandamentului 2 Operațional Întrunit i-a fost acordat Drapelul de Luptă și denumirea onorifică „Mareșal Alexandru Averescu".

Începând cu data de 1 ianuarie 2003, Comandamentul 2 Operațional Întrunit „Mareșal Alexandru Averescu" a exercitat comanda operațională asupra contingentelor naționale aflate în misiuni internaționale, conform Dispoziției șefului Statului Major General privind transferul către Comandamentul 2 Operațional Întrunit a unor responsabilități în gestionarea participării Armatei României la operații în sprijinul Păcii în structuri multinaționale și în cadrul inițiativelor de cooperare multinațională, precum și la misiuni ONU și OSCE.

În data de 17 martie 2009, Comandamentul 2 Operațional Întrunit „Mareșal Alexandru Averescu" se transformă în Comandamentul Operațional Întrunit „Mareșal Alexandru Averescu", iar la data de 15 aprilie 2010 instituția devine Comandamentul Diviziei 2 Infanterie, aflat în subordinea nemijlocită a Statului Major al Forțelor Terestre. Acest proces de transformare a dus la apariția Centrului de Conducere Operațională aflat în subordinea Statului Major General. Misiunea de bază a acestei structuri a constat în exercitarea comenzii operaționale a structurilor componentelor operaționale ale categoriilor de forțe armate, Comandamentului Logistic Întrunit și Comandamentului Comunicațiilor și Informaticii pentru planificarea și pregătirea contingentelor naționale participante la misiuni și operații în afara teritoriului statului român.

Evoluția mediului internațional de securitate, dar și integrarea României în structurile euroatlantice a dus la apariția unei structuri de nivel operativ care are ca misiune principală coordonarea activităților/misiunilor curente în structura de forțe a Armatei României , precum și planificarea și conducerea operației naționale întrunite.

La data de 14 iulie 2014, Centrul de Conducere Operațională s-a transformat în Comandamentul Forțelor Întrunite.

Prin Ordinul șefului Statului Major General, Comandamentul Forțelor Întrunite funcționează în subordinea șefului Statului Major al Apărării sub coordonarea locțiitorului pentru operații și instrucție al șefului Apărării. În acest document se stipulează: „Comandamentul Forțelor Întrunite este o structură executivă de nivel operativ, organizată pe entități operaționale de tip întrunit".

La data de 3 noiembrie 2014, Comandamentul Forțelor Întrunite primește denumirea onorifică „General Ioan Emanoil Florescu".