Comandamentul Forţelor Întrunite ‘‘General Ioan Emanoil Florescu’’ continuă tradiţia unor structuri de comandă cu misiuni similare, care au existat în Armata României începând cu anul 2000. Prima dintre acestea, Comandamentul 2 Operaţional Întrunit, a funcţionat în garnizoana Buzău până în martie 2004 şi a avut ca obiectiv principal, sprijinirea activităţilor desfăşurate în scopul aderării României la Alianţa Nord-Atlantică. Începând cu iauarie 2003, acesta a exercitat conducerea operaţională a structurilor militare dislocate în teatrele de operaţii din Balcanii de Vest, Irak şi Afganistan, fiind transformat în Comandamentul Operaţional Întrunit în martie 2009, pentru ca în aprilie anul următor să devină Centrul de Conducere Operaţională. Misiunea principală a acestor structuri a rămas conducerea operaţională a contingentelor româneşti dislocate în afara teritoriului național, dar exercitarea atribuţiilor s-a realizat dintr-o nouă locaţie din garnizoana Bucureşti. Cea mai importantă transformare a avut loc la 01 octombrie 2014, când Centrul de Conducere Operaţională a devenit Comandamentul Forţelor Întrunite.
În data de 10 noiembrie 2017, Comandamentul Forțelor Întrunite primește Drapelul de luptă.
